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レジスタンス

CELLの活動を阻止し、CELLを壊滅させようと活動しているレジスタンス。その規模は不明だが、各地を転々としつつ戦っている。主人公・プロフェットが所属する勢力。

  • プロフェット(ローレンス・バーンズ)
本作の主人公。「1」でのラプターチーム隊長。前作「2」で元のプロフェットは自殺し、海兵隊フォース・リーコン所属のアルカトラズが替わりのナノスーツ着用者となったが、スーツ内にプロフェットの人格が記録されており、エイリアン胞子のレギュレータに接触した際にアルカトラズの人格と交換され、再び蘇った。
「2」の後、サイコをはじめとしたナノスーツ着用者らとチームを組み、世界中を渡り歩きながらセフの動きを探り、「アルファ・セフ」を探していた。しかし、途中でCELLの攻撃に遭い、身柄を拘束されてしまう。その後サイコらに助けられてからは、クレアの指揮するレジスタンス勢力に所属し、CELLやセフとの戦いに身を投じていく。

  • サイコ(マイケル・サイクス)
イギリスの特殊部隊SAS出身。「1」ではラプターチームの部隊員であり、プロフェットの部下だった。「2」の後のプロフェットの旅に最後まで同行するも、プロフェットと共にCELLに身柄を拘束され、CELLのスキニング・ラボにおいてナノスーツ剥離手術を受けさせられたため、スーツを着用していない。現在はCELLに反抗するレジスタンス勢力の一員として活躍しており、ストーリーの最初でCELLに拘束されたプロフェットの身柄を開放した。コールサインは「ロメオ1(これはCrysis warheadで使われていたサイコのコールサインと同じ)」。今作では多くのミッションでプロフェットに同行し、援護を行ってくれるが、上官にも歯向かう短気な性格は変わっていないようだ。

  • クレア(クレア・フォンテネリ)
レジスタンスの女指揮官。指令所を転々としながら、日々CELLと戦っている。ナノスーツをやたら毛嫌いしており、プロフェットのことをストーリー序盤では「ハードウェア」と呼び、人間扱いしていない。(これらの理由はストーリー後半に明かされる)

  • カール・アーンスト・ラッシュ
クライネットの親会社であるハーグリーブ・ラッシュ社を、「2」に登場したジェイコブ・ハーグリーブと共に創設した人物だが、現在ではクライネットを追放され、レジスタンスに身を置いている。
1923年のツングースカ大爆発の際にハーグリーブらとセフのハイブを発見してナノテク技術を持ち帰り、ナノスーツを開発した、ハーグリーブと並んですべての元凶といえる人物。本作の時点では推定140歳以上だが、ハーグリーブのような冷凍睡眠を行わずになぜ現在になっても生き続けているのかは不明。

  • バンディット
「Crysis Warhead」にて、サイコと共にリンシャン島で戦ったイーグルチームの元メンバー。本作ではサイコと同様にスーツを脱がされ、レジスタンスに所属。プロフェットを救出する作戦に参加するが、途中でCELLの攻撃を受け死亡。

  • デイン(レイジー・デイン)
バンディットと同じイーグルチームの元隊長。プロフェット救出作戦に参加するも、CELLの攻撃を受けバンディットと共に死亡。

CELL

前作「2」では単なるクライネットの子会社のPMC(民間軍事企業)だったが、今作ではクライネットの規模すら超える、世界中の経済やエネルギーを統制下に置く世界的大企業になっているようだ。それと同時に、世界中で起きるセフの攻撃を鎮圧し、セフへの対抗策を研究していた。ナノスーツ剥離手術をスキニングラボにおいて行っていたのもそのため。

  • NAX
CELLの活動のすべてを監視、統率するセキュリティーAI.イギリス訛りの女性の機械音声で話す。NAX本体は非常に強固な防壁とセキュリティーで固められており、外部からの破壊は不可能。末端のCELL要員の派遣から、攻撃衛星「アークエンジェル」の攻撃指令に至るまで、あらゆる権限を持つ。

  • CELL兵士
今作のCELL兵士は、軍隊上がりのエリートから、CELLの経済統制により多額の負債を抱え、CELLの「労働負債返済プログラム」により働かされている元民間人まで様々である。また、爆発物・重火器担当のデモリショナー、狙撃担当のスナイパーなど、いくつかの担当に分かれており、それぞれに異なる制服が与えられている。

セフ

約一億年前にM33銀河において生まれ、各星系へと進出している種族。100万年前に地球に降下したが、隕石の衝突による大絶滅と同時に地下へと退避し、長い眠りについていた。しかし、ハーグリーヴらのツングースカ探索やリンシャン島事件によって世界中でセフが再び活性化し、地球侵攻に向けて活動を開始した。
リンシャン島で確認された個体が元々のセフに近いものだと考えられるが、「2」以降地上での活動に適した形態に変化している(これを、CELLの研究者は侵攻の第二段階と呼んでいる)。

  • アルファ・セフ
リンシャン島に核攻撃が行われた際、ハイヴが吸収した核エネルギーによって作られた、セフの統率者。
アルファ・セフは無限の動力を持っており、本来であればハイヴの影響範囲外で活動できないセフユニットに直接エネルギーを供給することによって、あらゆる場所での活動を可能にさせる。セフの地球侵攻の要といえる存在である。
本作ではCELLに捕えられ、無限の動力を生み出すという性質を利用され、CELLのエネルギー拠点となる「ネクサス」において電力を生み出すために拘束されていたが、ストーリー前半で脱走。その後はニューヨークにおいて活動を始める。
全長は非常に長く、先端の頭部は掘削機のようになっており、それを使って地中を高速で移動できる。